ЕСП планира своята работна програма в многогодишен и едногодишен план. Многогодишното планиране е насочено към определяне и актуализиране на стратегията на ЕСП. Годишният план определя конкретните задачи, предвидени за въпросната година. Работната програма съдържа списък на приоритетните одитни задачи и разпределя необходимите за изпълнението им ресурси.
Годишната работна програма се публикува, а председателят на ЕСП я представя пред Комисията по бюджетен контрол към Европейския парламент (CONT).