Účetní dvůr plánuje svou práci na ročním a víceletém základě. Víceleté plánování se zaměřuje na vymezení a aktualizaci strategie Účetního dvora. Při ročním plánování se určují konkrétní úkoly, které se budou realizovat daný rok. Ve výsledném plánu práce jsou uvedeny prioritní auditní úkoly a přiděleny zdroje potřebné na jejich realizaci.
Roční plán práce se zveřejňuje a předseda Účetního dvora jej předkládá Výboru pro rozpočtovou kontrolu Evropského parlamentu (CONT).