Der EuRH plant seine Arbeit auf mehrjähriger und jährlicher Basis. Bei der Mehrjahresplanung liegt der Schwerpunkt darauf, die Strategie des EuRH festzulegen und zu aktualisieren. Im Rahmen der jährlichen Planung werden die spezifischen Aufgaben bestimmt, die im jeweiligen Jahr durchgeführt werden sollen. Das daraufhin erstellte Arbeitsprogramm enthält die vorrangigen Prüfungsaufgaben und die Zuweisung der für die Durchführung dieser Aufgaben erforderlichen Ressourcen.
Das jährliche Arbeitsprogramm wird veröffentlicht und dem Haushaltskontrollausschuss (CONT) des Europäischen Parlaments vom Präsidenten des EuRH vorgestellt.