Ο INTOSAI (International Organisation of Supreme Audit Institutions, Διεθνής Οργανισμός των Ανωτάτων Οργάνων Ελέγχου) είναι ο επαγγελματικός οργανισμός των ΑΟΕ των χωρών μελών των Ηνωμένων Εθνών ή των εξαρτώμενων από αυτά ειδικευμένων οργανισμών. Επί του παρόντος, περιλαμβάνει 195 πλήρη μέλη (εκ των οποίων το ΕΕΣ είναι ο μόνος υπερεθνικός φορέας), πέντε διεθνείς οργανισμούς ως συνδεδεμένα μέλη, και ένα συνεργαζόμενο μέλος. Ο INTOSAI είναι καταχωρισμένος ως οργανισμός υποστήριξης των Ηνωμένων Εθνών.
Από το 1980, ακόμη και πριν καταστεί πλήρες μέλος, το ΕΕΣ συμμετέχει ενεργά σε διάφορες δραστηριότητες και άξονες δράσης του INTOSAI, συμβάλλοντας ιδίως πρακτικά στην κατάρτιση προτύπων και καθοδήγησης, καθώς και στην προώθηση βέλτιστων πρακτικών και της διασφάλισης της ποιότητας. Το ΕΕΣ έχει επίσης συμμετάσχει σε όλα τα τριετή συνέδρια του INTOSAI, αναλαμβάνοντας σε πολλές περιπτώσεις την ευθύνη για το θέμα του συνεδρίου.
Το 2004 το ΕΕΣ απέκτησε την ιδιότητα πλήρους μέλους του INTOSAI μετά την τροποποίηση του καταστατικού του INTOSAI βάσει της οποίας κατέστη δυνατή η συμμετοχή ΑΟΕ υπερεθνικών οργανισμών.
Το 2016, έπειτα από την πολυετή συμμετοχή του στις υποεπιτροπές δημοσιονομικού ελέγχου, ελέγχου συμμόρφωσης και ελέγχου επιδόσεων, το ΕΕΣ ορίστηκε αντιπρόεδρος της επιτροπής επαγγελματικών προτύπων του INTOSAI.
Το ΕΕΣ είναι επίσης μέλος των επιτροπών ανάπτυξης ικανοτήτων και ανταλλαγής γνώσεων του INTOSAI και διαδραματίζει ενεργό ρόλο σε αρκετά από τα όργανα εργασίας των εν λόγω επιτροπών.
Το ΕΕΣ είναι μέλος του EUROSAI (Ευρωπαϊκός Οργανισμός των Ανώτατων Οργάνων Ελέγχου), της ευρωπαϊκής περιφερειακής ομάδας του INTOSAI. Το EUROSAI ιδρύθηκε το 1990 από 29 ευρωπαϊκά ΑΟΕ και το ΕΕΣ, και επί του παρόντος περιλαμβάνει 50 μέλη. Από την ίδρυσή του, το ΕΕΣ συμμετέχει ενεργά σε διάφορα όργανα εργασίας του EUROSAI.
Το ΕΕΣ διετέλεσε εξωτερικός ελεγκτής του EUROSAI την περίοδο 2008-2011 και μέλος του διοικητικού συμβουλίου του την περίοδο 2011-2017.