INTOSAI (Kõrgeimate Kontrolliasutuste Rahvusvaheline Organisatsioon) on kutseorganisatsioon, mis koondab nende riikide kõrgeimaid kontrolliasutusi, kes on ÜRO või mõne selle spetsialiseeritud asutuse liikmed. Praegu kuulub INTOSAIsse 195 täisliiget (kontrollikoda on neist ainuke rahvusülene organisatsioon), viis rahvusvahelist organisatsiooni (assotsieerunud liikmed) ja üks partnerliige. INTOSAI kuulub ÜRO tugiorganisatsioonide hulka.
Alates 1980. aastast, ja juba enne täisliikmeks saamist, on kontrollikoda aktiivselt osalenud INTOSAI tegevuses ja töökondades, panustades eelkõige standardite ja suuniste ettevalmistamise ning parima tava levitamise ja kvaliteedi tagamisega seotud tegevusse. Kontrollikoda on osalenud kõigil kolmeaastase intervalliga toimunud INTOSAI kongressidel, võttes mitmel korral vastutuse kongressi mõne teema eest.
Kontrollikoda sai INTOSAI täisliikmeks 2004. aastal peale INTOSAI põhikirjas tehtud muudatust, mis võimaldas ka rahvusüleste organisatsioonide liikmesust.
2016. aastal, peale mitmeaastast tegevust finants-, vastavus- ja tulemusauditi allkomisjonides, nimetati kontrollikoda ametialaste standardite komisjoni aseesimeheks.
Kontrollikoda on ka INTOSAI suutlikkuse suurendamise ja teadmiste jagamise komisjonide liige ja osaleb aktiivselt nende mitmes töörühmas.
Kontrollikoda kuulub ka EUROSAIsse (Euroopa Kõrgeimate Kontrolliasutuste Organisatsioon), mis on INTOSAI piirkondlik rühm. EUROSAI asutasid aastal 1990 Euroopa 29 kõrgeimat kontrolliasutust ja kontrollikoda, ning sellel on praegu 50 liiget. Kontrollikoda on alates EUROSAI asutamisest osalenud aktiivselt paljudes selle töörühmades.
Aastatel 2008–2011 oli kontrollikoda EUROSAI välisaudiitor ja ajavahemikus 2011–2017 EUROSAI juhatuse liige.