Euroopa Kontrollikoda juhib president, kelle valivad kontrollikoja liikmed endi seast kolmeks aastaks ja keda saab ametisse tagasi nimetada. Presidendi roll on olla primus inter pares – esimene võrdsete seas. Ta juhatab kontrollikoja istungeid, tagab kontrollikoja otsuste täitmise ning asutuse ja selle tegevuse usaldusväärse juhtimise.
13. septembril valiti kontrollikoja 11. presidendiks Saksamaad esindav kontrollikoja liige Klaus-Heiner Lehne.
Kontrollikoja liikmed nimetab ametisse nõukogu liikmesriikide esitatud kandidaatide seast pärast konsulteerimist Euroopa Parlamendiga. Liikmete ametiaeg kestab kuus aastat ja seda on võimalik pikendada. Liikmed peavad oma kohustusi täitma täiesti sõltumatult ning vastavalt Euroopa Liidu üldistele huvidele.
Lisaks kontrollikoja kolleegiumi kuulumisele määratakse iga kontrollikoja liige ühte viiest auditikojast. Auditikojad võtavad vastu auditiaruandeid ja arvamusi, samuti otsuseid laiemate strateegiliste ja haldusküsimuste kohta. Iga liige vastutab ka konkreetsete ülesannete eest, peamiselt auditi alal. Audititööd teevad kontrollikoja audiitorid, kelle tegevust koordineerib vastutav liige oma kabineti abiga. Seejärel esitleb liige aruannet vastuvõtmiseks auditikojale ja/või kolleegiumile ning pärast seda Euroopa Parlamendile, nõukogule ja teistele asjakohastele sidusrühmadele, kaasa arvatud meediale.
Peasekretär on kontrollikoja poolt kuueks aastaks ametisse nimetatav asutuse kõrgeim ametnik. Peasekretäri ametiaega on võimalik pikendada. Peasekretär vastutab kontrollikoja personali- ja haldusjuhtimise eest, mis hõlmab personali-, finants- ja tugiteenuste, informatsiooni, töökeskkonna ja innovatsiooni, tõlke- ja keeleteenuste ning väljaannete valdkondi.
Tema vastutusalasse kuulub ka kontrollikoja sekretariaat. Praegune peasekretär Eduardo Ruíz García nimetati ametisse 16. märtsil 2009. Tema ametiaega pikendati 16. märtsil 2015.
Kontrollikoja personal – meie peamine väärtus
Kontrollikoja personal koosneb ligi 900 töötajast, kes töötavad auditi-, tõlke- ja halduse alal. Kontrollikoja audiitoritel on laiaulatuslik erialane taust ja kogemus nii avalikust kui erasektorist, hõlmates raamatupidamist, finantsjuhtimist, sise- ja välisauditit, õigust ja majandust.
Kontrollikoja tõlkijad tõlgivad tekste ELi 23 ametlikku keelde, mis tagab ELi kodanikele võimaluse lugeda meie väljaandeid enda valitud keeles. Nagu kõigis teistes ELi institutsioonides, töötab ka kontrollikojas kõigi ELi liikmesriikide kodanikke. Kontrollikoja töötajate kui ELi ametnike suhtes kohaldatakse ELi personalieeskirju.
Kontrollikoda on jagatud kümneks auditi ja haldusega tegelevaks direktoraadiks, mis omakorda koosnevad paindlikest ülesandepõhistest rühmadest, et parimal võimalikul viisil ressursse kasutada ja asjakohaseid erialateadmisi arendada.
Kontrollikoda rakendab aktiivset võrdsete võimaluste poliitikat ning töötajaskonda kuulub mehi ja naisi peaaegu võrdsel arvul.
Alates 1977. aastast võib kontrollikoda uhkust tunda oma professionaalse, pühendunud ja kogenud töötajaskonna üle, mis peab oma kohuseks kaitsta liidu kodanike finantshuve.
Kontrollikoja reform: muutumine ülesandepõhiseks organisatsiooniks
Vastavalt kontrollikoja strateegiale perioodil 2013–2017 ja vastusena Euroopa Parlamendi poolt kontrollikoja tulevase rolli kohta tehtud tähelepanekutele ning 2014. aasta rahvusvahelise vastastikuse eksperdihinnangu käigus tehtud tähelepanekutele, otsustas kontrollikoda oma ülesehitust reformida. Reformi aluseks on neli põhimõtet:
– aktiivne reageerimine kiiresti muutuvas keskkonnas;
– ressursside paindlik suunamine prioriteetsetele auditiülesannetele;
– väljundite õigeaegne valmimine;
– kontrollikoja rolli ja töö parem kajastamine.
Reform jõustus 1. jaanuaril 2016.