Kontrollikoda kavandab oma tööd nii ühe kui mitme aasta kaupa. Mitmeaastane kavandamine keskendub kontrollikoja strateegia määratlemisele ja uuendamisele. Aastapõhise kavandamisega määratakse kindlaks vastava aasta jooksul täitmisele kuuluvad ülesanded. Selle põhjal koostatavas töökavas loetletakse esmatähtsad auditiülesanded ja eraldatakse nende täitmiseks vajaminevad vahendid.
Aasta töökava avaldatakse ning kontrollikoja president esitleb seda Euroopa Parlamendi eelarvekontrollikomisjonile.