Tilintarkastustuomioistuin suunnittelee työnsä monivuotiselta ja vuotuiselta pohjalta. Monivuotinen suunnittelu keskittyy tilintarkastustuomioistuimen strategian määrittämiseen ja päivittämiseen. Vuotuisen suunnittelun yhteydessä määritetään asianomaisen vuoden kuluessa toteutettavat tehtävät. Suunnittelun pohjalta laadittavassa työohjelmassa luetellaan tarkastustoiminnan painopisteet ja osoitetaan niiden täytäntöönpanoon tarvittavat resurssit.
Vuotuinen työohjelma julkaistaan, ja tilintarkastustuomioistuimen presidentti esittelee sen Euroopan parlamentin talousarvion valvontavaliokunnalle.