La Cour des comptes européenne prévoit ses travaux sur une base annuelle et pluriannuelle. La planification pluriannuelle est axée sur la définition et la mise à jour de la stratégie de la Cour. Dans le cadre d’un exercice annuel de planification, la Cour détermine les tâches spécifiques qui doivent être entreprises au cours de l’année en cause. Le programme de travail en résultant établit la liste des tâches d’audit prioritaires et prévoit l’allocation des ressources nécessaires à leur mise en œuvre.
Le programme de travail annuel est publié et présenté à la commission du contrôle budgétaire du Parlement européen (CONT) par le Président de la Cour.