Le collège de la Cour (28 membres) se réunit environ deux fois par mois pour examiner et adopter des documents, notamment les principales publications annuelles de la Cour - les rapports annuels sur le budget général de l'UE et les Fonds européens de développement.
La Cour est organisée en cinq chambres, auxquelles sont affectés les membres et les auditeurs. La Cour comporte quatre chambres chargées de l'audit des différents domaines de dépenses de l'UE ainsi que des recettes et d’une chambre horizontale - la chambre CEAD - chargée de la coordination, de l'évaluation, de l'assurance et du développement.
La Cour des comptes européenne est dirigée par un président élu par et parmi les membres du collège pour un mandat renouvelable de trois ans. Il joue le rôle de primus inter pares (premier parmi ses pairs).
Le 16 janvier 2008, M. Vítor Manuel da Silva Caldeira, le Membre portugais, a été élu dixième président de la Cour. Son mandat a été renouvelé le 12 janvier 2011. Il a ensuite été réélu pour un troisième mandat le 23 janvier 2014.
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