La Corte dei conti europea pianifica il proprio lavoro su base annuale e pluriennale. La pianificazione pluriennale si incentra sulla definizione e l'aggiornamento della strategia della Corte. La pianificazione annuale stabilisce i compiti specifici da attuare nel corso dell'anno in questione. Il programma di lavoro che ne scaturisce elenca i compiti di audit prioritari e assegna le risorse necessarie per svolgerli.
Il programma di lavoro annuale viene pubblicato ed è presentato dal Presidente della Corte alla Commissione di controllo sui bilanci (CONT) del Parlamento europeo.