Audito Rūmai planuoja savo darbą daugiamečiu ir metiniu pagrindu. Daugiametis planavimas yra iš esmės susijęs su Audito Rūmų strategijos apibrėžimu ir atnaujinimu. Vykdant metinio planavimo procedūrą nustatomos konkrečios užduotys, kurios turi būti atliktos atitinkamais metais. Parengtoje darbo programoje išvardijamos prioritetinės audito užduotys ir paskiriami ištekliai, kurie yra reikalingi joms įgyvendinti.
Metinė darbo programa yra paskelbiama ir Audito Rūmų pirmininkas ją pateikia Europos Parlamento biudžeto kontrolės komitetui (CONT).