Il-QEA tippjana l-ħidma tagħha fuq bażi pluriennali u annwali. L-ippjanar pluriennali huwa ffukat madwar id-definizzjoni u l-aġġornament tal-istrateġija tal-QEA. Eżerċizzju annwali ta’ ppjanar jiddetermina l-kompiti speċifiċi li għandhom jitwettqu matul is-sena kkonċernata. Il-programm ta’ ħidma li jirriżulta jelenka l-kompiti tal-awditjar bl-ogħla prijorità u jalloka r-riżorsi meħtieġa għall-implimentazzjoni tagħhom.
Il-programm ta’ ħidma annwali huwa ppubblikat, u ppreżentat lill-Kumitat għall-Kontroll tal-Baġit tal-Parlament Ewropew (CONT) mill-President tal-QEA.