De ERK werkt met een meerjarige en een eenjarige planning. De meerjarige planning is toegespitst op het bepalen en bijwerken van de strategie van de ERK. Bij de jaarlijkse planning wordt bepaald welke specifieke taken gedurende het betrokken jaar worden ondernomen. In het daaruit voortvloeiende werkprogramma zijn de prioritaire controletaken en de toewijzing van de voor de uitvoering ervan benodigde middelen vastgelegd.
Het jaarlijks werkprogramma wordt gepubliceerd en door de president van de ERK aan de Commissie begrotingscontrole van het Europees Parlement (CONT) gepresenteerd.