Trybunał planuje swoją pracę w perspektywie rocznej i wieloletniej. W ramach planowania wieloletniego nacisk położony jest na określenie i aktualizację strategii Trybunału. W ramach planowania rocznego wyznacza się konkretne zadania, które należy wykonać w danym roku. Powstały w ten sposób program prac zawiera listę priorytetowych zadań kontrolnych oraz określa zasoby niezbędne do przeprowadzenia poszczególnych kontroli.
Roczny program prac jest publikowany. Prezes Trybunału przedstawia go również Komisji Kontroli Budżetowej Parlamentu Europejskiego (CONT).