O TCE planeia os seus trabalhos numa base plurianual e anual. O planeamento plurianual centra se na definição e na atualização da estratégia do TCE. No exercício de planeamento anual são definidas as tarefas específicas a realizar durante o ano em questão. O programa de trabalho daí resultante estipula as tarefas de auditoria prioritárias e atribui os recursos necessários à sua execução.
O programa de trabalho anual é publicado e apresentado à Comissão do Controlo Orçamental do Parlamento Europeu (CONT) pelo Presidente do TCE.