Curtea își planifică activitatea pe o bază multianuală și pe o bază anuală. Planificarea multianuală vizează definirea și actualizarea strategiei Curții, în timp ce exercițiul de planificare anuală stabilește sarcinile specifice care urmează a fi îndeplinite în cursul anului respectiv. Programul de activitate rezultat enumeră sarcinile prioritare de audit și alocă resursele necesare pentru realizarea lor.
Programul anual de activitate este publicat și prezentat Comisiei pentru control bugetar din cadrul Parlamentului European (CONT) de către președintele Curții.