Európsky dvor audítorov plánuje svoju prácu na ročnom a viacročnom základe. Viacročné plánovanie je zamerané na vymedzenie a aktualizáciu stratégie Dvora audítorov. V rámci ročného plánovania sa stanovujú osobitné úlohy, ktoré sa majú vykonať počas daného roka. Vo výslednom pláne práce sa uvádza zoznam prioritných audítorských úloh, ako aj výška zdrojov vyčlenených na ich vykonanie.
Ročný plán práce sa uverejňuje a predseda Dvora audítorov ho predkladá Výboru Európskeho parlamentu pre kontrolu rozpočtu (CONT).