La primera reunión de los presidentes de las EFS de la UE (la CEE en aquella época) tuvo lugar en 1960. Desde entonces, han venido trabajando conjuntamente en esta asamblea, que constituye un foro de debate sobre cuestiones de interés común. Con la introducción de los recursos propios para financiar el presupuesto de la UE al final de la década de los años sesenta, y la posterior ampliación de las funciones del Parlamento Europeo en materia presupuestaria, cada vez se hizo más patente para la UE la necesidad de contar con una entidad auditora externa independiente. El Comité de contacto desempeñó de hecho un papel decisivo en el establecimiento del TCE y en la definición de sus competencias en el Tratado de Bruselas de 1975, que llevó a la creación de dicho tribunal en 1977. En 1978 el Comité de contacto invitó a formar parte del mismo al TCE, que se convirtió así en su décimo miembro.

Paralelamente al avance registrado por la integración europea desde el Tratado de Roma, ha ido ampliándose el cometido del Comité de contacto. Con los años, la cooperación entre las EFS de los Estados miembros de la UE y con el TCE ha ido adquiriendo un carácter más organizado e institucionalizado. Esta evolución se refleja también en los tratados, donde la referencia a esta cooperación ha sido cada vez más explícita.

El Tratado CE* declaraba en su versión inicial que el TCE debía efectuar su control «en colaboración» con las instituciones nacionales de control de los Estados miembros, mientras que en fecha posterior el Tratado de Ámsterdam añadía lo siguiente: «El Tribunal de Cuentas y las instituciones nacionales de control de los Estados miembros cooperarán con espíritu de confianza y manteniendo su independencia». Ulteriormente, la declaración 18 del acta final del Tratado de Niza invitaba al TCE a crear un Comité de contacto (que ya existía de hecho) con los órganos fiscalizadores de los Estados miembros**.

No obstante, la cooperación entre las EFS de los Estados miembros de la UE y el TCE no constituye tan sólo una simple obligación jurídica sino más bien una necesidad práctica dictada por la creciente imbricación entre la administración europea y las administraciones nacionales. Dado que la competencia de la gestión del presupuesto europeo se delega cada vez en más ámbitos a las administraciones nacionales de los Estados miembros y beneficiarios, hay un desplazamiento del centro de gravedad de los controles de los fondos europeos a estos Estados. En consecuencia, el Tratado dotó de fundamento jurídico a la cooperación entre el TCE y las Entidades Fiscalizadoras Superiores y otras autoridades nacionales competentes. En la práctica, las EFS proporcionan a los auditores del TCE apoyo práctico y logístico local, así como un conocimiento específico del ámbito auditado.