La première réunion des présidents des ISC des États membres de l'UE (CEE à l'époque) s'est tenue en 1960. Depuis, les présidents des ISC coopèrent au sein d'un comité de contact, qui joue un rôle de forum où les questions présentant un intérêt commun sont discutées. Avec la mise en place du système des ressources propres pour financer le budget de l'UE à la fin des années 1960 et, par la suite, avec le renforcement du rôle du Parlement européen en matière budgétaire, la nécessité de créer un organe externe et indépendant de contrôle de l'Union européenne est devenue de plus en plus manifeste. Le comité de contact a en effet joué un rôle actif dans la mise en place de la CdCE et la codification de ses compétences dans le traité de Bruxelles en 1975, qui a entraîné la création de la CdCE en 1977. Le comité de contact a invité la CdCE à le rejoindre en 1978, celle-ci en devenant ainsi le dixième membre.

Les progrès de l'intégration européenne depuis le traité de Rome se sont accompagnés d'un renforcement du rôle du comité de contact. Au fil des années, la coopération entre les ISC des États membres de l'UE et la CdCE s'est davantage structurée et institutionnalisée. Cette évolution se reflète également dans les traités européens, où la référence à cette coopération est devenue progressivement plus explicite.

Dans sa forme initiale, le traité CE disposait que la CdCE effectue son contrôle «en liaison» avec les ISC des États membres *, tandis que dans le traité d'Amsterdam, il a été ajouté par la suite que «la Cour des comptes et les institutions de contrôle nationales des États membres pratiquent une coopération empreinte de confiance et respectueuse de leur indépendance». Plus tard, dans la déclaration n° 18 de l'acte final du traité de Nice, la CdCE a été invitée à mettre en place un comité de contact avec les ISC des États membres (qui existait en fait déjà) **.

Toutefois, la coopération entre les ISC des États membres de l'UE et la CdCE ne constitue pas une simple obligation juridique, mais plutôt une nécessité pratique imposée par le fait que les liens entre les administrations nationales et de l'UE sont devenus de plus en plus étroits. Suite à la décentralisation à grande échelle de la gestion des fonds de l'Union européenne vers les autorités nationales des États membres et des pays bénéficiaires, le centre de gravité du contrôle de la Cour s'est déplacé au niveau des États en question. En conséquence, le traité a conféré une base juridique à la coopération entre la CdCE et les institutions supérieures de contrôle nationales ou avec d'autres services de contrôle nationaux compétents. Concrètement, les institutions supérieures de contrôle nationales apportent aux auditeurs de la CdCE un soutien pratique et logistique local ainsi que des connaissances spécifiques du domaine audité.