Einem Bericht des Europäischen Rechnungshofs zufolge hat die Europäische Kommission in relativ kurzer Zeit ein Kontrollsystem für das wichtigste Instrument im Corona-Aufbaufonds der EU – die 724 Milliarden Euro schwere "Aufbau- und Resilienzfazilität" (ARF) – eingerichtet. Die EU-Prüfer haben die Ausgestaltung dieses Kontrollsystems untersucht und bezüglich der Gewährleistung und der Rechenschaftspflicht beim Schutz der finanziellen Interessen der EU eine Lücke festgestellt. Die EU-Länder seien verpflichtet, zu kontrollieren, ob ARF-Investitionsvorhaben den EU- und nationalen Vorschriften entsprechen. Allerdings verfüge die Kommission kaum über selbst ermittelte und abgesicherte Informationen darüber, ob und wie diese nationalen Kontrollen durchgeführt werden. Ohne die Gewähr, dass diese Vorschriften eingehalten würden, bestehe auf EU-Ebene ein Mangel an Rechenschaftspflicht.
Der Mechanismus, über den im Rahmen der ARF Mittel verteilt werden, ist neuartig: Die Kommission leistet Zahlungen an die EU-Länder, wenn sie sicher ist, dass diese die in ihren nationalen Aufbauplänen festgelegten "Etappenziele" und "Zielwerte" erreicht haben. Deshalb hat die Kommission umfangreiche Kontrollen der Daten eingeführt, anhand derer die EU-Länder die Erreichung der Ziele nachweisen. Im Gegensatz zu anderen EU-Förderprogrammen ist die Einhaltung der einschlägigen Vorschriften bei ARF-Investitionsprojekten jedoch keine Zahlungsvoraussetzung. Auch bei der Kontrolle der Zahlungsanträge der Mitgliedstaaten durch die Kommission wird die Einhaltung dieser Vorschriften nicht überprüft.
"Die Bürgerinnen und Bürger werden neuartigen EU-Finanzierungen nur dann Vertrauen entgegenbringen, wenn sie sicher sein können, dass ihr Geld ordnungsgemäß ausgegeben wird", so Tony Murphy, der Präsident des Europäischen Rechnungshofs. "Derzeit besteht eine Lücke in Bezug auf die Gewähr, die die Kommission für das wichtigste Instrument der EU zur Unterstützung der Erholung nach der Pandemie bieten kann, sowie ein Mangel an Rechenschaftspflicht auf EU-Ebene."