Η Υπηρεσία εσωτερικού ελέγχου του ΕΕΣ συγκροτήθηκε το 2002 σε συνέχεια μιας διοικητικής μεταρρύθμισης και στο πλαίσιο του νέου δημοσιονομικού κανονισμού αριθ. 1605/2002 ο οποίος εισήγαγε την αρχή της «χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης». Ο διορισμός και τα καθήκοντα του εσωτερικού ελεγκτή ρυθμίζονται από τα άρθρα 98 έως 100 του δημοσιονομικού κανονισμού και τα άρθρα 114 έως 120 των κανόνων εφαρμογής του.
Η Υπηρεσία εσωτερικού ελέγχου ενεργεί με πλήρη ανεξαρτησία κατά τη διενέργεια των ελέγχων της, οι οποίοι καλύπτουν το σύνολο των δραστηριοτήτων και των υπηρεσιών του οργάνου και διαθέτει πλήρη και απεριόριστη πρόσβαση σε κάθε στοιχείο που είναι αναγκαίο για την άσκηση των καθηκόντων της.
Το ΕΕΣ διαβιβάζει κάθε έτος στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο και το Συμβούλιο έκθεση στην οποία συνοψίζονται ο αριθμός και ο τύπος των εσωτερικών ελέγχων που έχουν διεξαχθεί, οι διατυπωθείσες συστάσεις και η συνέχεια που δόθηκε στις συστάσεις αυτές.
Το ΕΕΣ έχει επίσης συγκροτήσει και διορίσει επιτροπή ελέγχου αρμόδια για ζητήματα εσωτερικού ελέγχου. Η επιτροπή αυτή απαρτίζεται από Μέλη του ΕΕΣ και από μία εξέχουσα προσωπικότητα εκτός του οργάνου.
Επί του παρόντος, η επιτροπή ελέγχου απαρτίζεται από τους:
-
Hannu Takkula, Μέλος του ΕΕΣ
-
Viorel Ștefan, Μέλος του ΕΕΣ
-
Marek Opioła, Μέλος του ΕΕΣ
-
Paul Koechlin, Εξωτερικό εμπειρογνώμονα