Το ΕΕΣ συνεργάζεται με τα ΑΟΕ των υποψήφιων και των δυνάμει υποψήφιων για ένταξη χωρών, διευκολύνοντας την τακτική ανταλλαγή πληροφοριών, την ανάπτυξη ελεγκτικών μεθοδολογιών και την προαγωγή της επαγγελματικής επιμόρφωσης. Αυτό γίνεται σε συνεργασία με το πρόγραμμα στήριξης για τη βελτίωση της διακυβέρνησης και της διαχείρισης (SIGMA), μια κοινή πρωτοβουλία του Οργανισμού Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης (ΟΟΣΑ) και της ΕΕ.
Η συνεργασία πραγματοποιείται κυρίως μέσω του δικτύου των ΑΟΕ των υποψήφιων και των δυνάμει υποψήφιων για ένταξη χωρών, το οποίο λειτουργεί κατά τρόπο παρόμοιο με αυτόν της Επιτροπής Επαφών. Στο πλαίσιό του προβλέπονται περιοδικές συναντήσεις των επικεφαλής των ΑΟΕ και των συνδέσμων, καθώς και ομάδες εργασίας, σεμινάρια, εργαστήρια και παράλληλοι έλεγχοι. Βασικός στόχος του είναι η προώθηση της εφαρμογής ελεγκτικών μεθόδων και τεχνικών σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα και τις βέλτιστες πρακτικές της ΕΕ.