Le service d'audit interne de la Cour a été créé en 2002, à la suite de la réforme administrative et de l'adoption du nouveau règlement financier de l'époque (règlement n° 1605/2002) qui a introduit le principe de «bonne gestion financière». La désignation et les fonctions de l'auditeur interne sont régies par les articles 98 à 100 du règlement financier actuel, et par les articles 114 à 120 de ses règles d'application.
Le service d'audit interne jouit d'une totale indépendance dans la réalisation de ses audits, qui couvrent l'ensemble des activités et des services de l'institution, et d'un accès complet et illimité à l'ensemble des informations nécessaires à l'accomplissement de ses travaux.
Chaque année, la Cour communique au Parlement européen et au Conseil un rapport fournissant une synthèse du nombre et du type d'audits internes effectués, des recommandations formulées et des suites données à ces recommandations.
La Cour a également institué et formé un comité d'audit chargé des questions relatives à l'audit interne. Le comité est composé de membres de la Cour et d'une personnalité extérieure.
Les membres actuels du comité d'audit sont :
- M. Hannu Takkula, Membre de la Cour ;
- M. Viorel Ștefan, Membre de la Cour ;
- M. Marek Opioła, Membre de la Cour ;
- M. Paul Koechlin, expert externe.