A Covid19-járvány kitörését követően az Unió hamar kiigazította a szabályokat annak érdekében, hogy a tagállamok rugalmasabban használhassák fel a 2014–2020-as kohéziós politikai forrásokat a világjárványra adott válaszintézkedések kapcsán. Az addigi forrásokat jelentős mértékben kiegészítette az Unió újabbakkal is, a további beruházások finanszírozására. Az Európai Számvevőszék új jelentése szerint azonban ezek az intézkedések növelték a nyomást az uniós források gyors és megfelelő módon történő elköltésével kapcsolatban. A számvevők szerint további probléma, hogy a kohéziós politikának a válságok kezelésére történő többszöri felhasználása eltérítheti azt elsődleges stratégiai céljától, azaz a régiók közötti fejlődési egyenlőtlenségek csökkentésétől.
2020 elejétől kezdve az Unió számos intézkedést hozott a Covid19-világjárvány okozta nehézségek kezelésére. Ennek kapcsán a kohéziós politika a 2014–2020-as programozási időszak szabályait módosítva, gyors, három szakaszból álló válaszfolyamat révén játszott szerepet. Kevesebb mint két hónappal a világjárvány európai kitörése után az Unió jogalkotási intézkedéseket fogadott el, hogy a fel nem használt pénzeszközöket a koronavírusra való reagálást célzó beruházási kezdeményezés (CRII) és a koronavírusra való reagálást célzó, kiterjesztett beruházási kezdeményezést (CRII+) keretében mobilizálják. Ezután kevesebb mint egy év alatt elfogadta a kohéziós célú és az európai területeknek nyújtott helyreállítási támogatást (REACT-EU) is, amely rövid és középtávú válságelhárítási eszközként és helyreállítási intézkedésként szolgál.
„Az Unió fellépése megkönnyítette a kohéziós alapok felhasználását, így segítve a tagállamokat a Covid19-válsággal kapcsolatos gazdasági nehézségek leküzdésében, igaz, egyes jelenlegi kihívások még tovább súlyosbodhatnak – jelentette ki Iliana Ivanova, az ellenőrzésért felelős számvevőszéki tag. – Mindenképpen alaposan meg kell vizsgálnunk, hogy az Unió kohéziós politikája a megfelelő költségvetési eszköz-e a válságreagáláshoz.”