Misiunea INEA constă în a sprijini Comisia, promotorii de proiecte și părțile interesate prin furnizarea de expertiză și management de program în cadrul unor proiecte de infrastructură și de cercetare și inovare în domeniul transporturilor, în domeniul energiei și în cel al telecomunicațiilor, precum și în a promova sinergii între aceste activități.
Agenției INEA i s-au încredințat 93 % din bugetul total al MIE și 7 % din bugetul programului Orizont 2020. Aceste sume totalizează 33,6 miliarde de euro, ceea ce reprezintă cel mai mare buget gestionat de o agenție executivă a UE.
Curtea a constatat că INEA a îndeplinit sarcinile delegate, astfel cum au fost definite în mandatul său, și a adus beneficiile preconizate, cu unele limitări legate de constrângerile impuse de cadrul în care își desfășoară activitatea. S-au constatat deficiențe în procedurile de selecție ale MIE, altfel bine organizate, riscuri în implementarea programului și deficiențe în raportarea performanței.
Curtea a adresat Comisiei și INEA recomandări menite să contribuie la îmbunătățirea potențialului de sinergii, la consolidarea cadrului pentru gestionarea de către INEA a programelor delegate, la asigurarea unui grad mai ridicat de armonizare și de transparență a procedurilor de selecție a proiectelor din cadrul MIE, la stabilirea unor condiții mai bune pentru implementarea în timp util a MIE și la revizuirea concepției cadrului de performanță pentru o mai bună monitorizare a rezultatelor proiectelor din cadrul MIE.