​Deși nu are mandatul de a investiga cazuri de suspiciuni de fraudă împotriva intereselor financiare ale UE, Curtea de Conturi Europeană contribuie la combaterea fraudei care prejudiciază bugetul UE efectuând audituri specifice privind sistemele de prevenire sau de detectare a fraudei. De asemenea, Curtea emite avize referitor la propuneri ale Comisiei de acte legislative noi sau de modificare a legislației existente privind chestiuni legate de fraudă.