O Tratado sobre o Funcionamento da UE prevê que o Tribunal de Contas Europeu e as instituições de controlo nacionais dos Estados‑Membros cooperem num espírito de confiança, mantendo embora a respetiva independência. A cooperação entre as ISC dos Estados‑Membros da UE e o TCE remonta à criação do Tribunal em 1977, tendo aumentado ao longo dos anos.
O TCE coopera ativamente com as ISC dos Estados-Membros da UE no âmbito do Comité de Contacto.
Proporciona uma instância de cooperação e de intercâmbio de conhecimentos e experiências profissionais sobre o controlo dos fundos da UE e outras questões relacionadas com a UE. Os contactos correntes são mantidos por agentes de ligação designados por cada instituição. Utilizam‑se grupos de trabalho, redes e grupos de ação com o fim de estimular a obtenção de posições e práticas comuns.