Tilintarkastustuomioistuin tekee yhteistyötä EU-jäsenyyttä hakevien maiden ja mahdollisten hakijamaiden ylimpien tarkastuselinten kanssa. Yhteistyön tarkoituksena on helpottaa säännöllistä tietojenvaihtoa, kehittää tarkastusmenetelmiä ja edistää ammatillista koulutusta. Yhteistyökumppanina on SIGMA (Support for Improvement in Governance and Management), joka perustettiin taloudellisen yhteistyön ja kehityksen järjestön OECD:n ja EU:n yhteisestä aloitteesta.
Keskeinen yhteistyön väline on EU-jäsenyyttä hakevien maiden ja mahdollisten hakijamaiden ylimmistä tarkastuselimistä muodostuva verkosto, joka toimii samaan tapaan kuin yhteyskomitea. Verkoston toimintaan kuuluvat ylimpien tarkastuselinten pääjohtajien ja yhdyshenkilöiden säännölliset kokoukset, työryhmät, seminaarit, työpajat ja rinnakkaistarkastukset. Päätavoitteena on edistää tarkastusmenetelmien ja -tekniikoiden soveltamista kansainvälisten standardien ja parhaiden EU-käytäntöjen mukaisesti.
Yhtenä ylimmistä tarkastuselimistä tilintarkastustuomioistuin pyrkii toimimaan edelläkävijänä julkisen sektorin tarkastuksen alalla. Se on mukana laatimassa ammatillisia standardeja ja hyviä käytäntöjä yhdessä muiden ylimpien tarkastuselinten kanssa ylimpien tarkastuselinten kansainvälisessä järjestössä INTOSAIssa ja INTOSAIn Euroopan aluejärjestössä EUROSAIssa. Tilintarkastustuomioistuin otti jo varhain vertaisarvioinnit käyttöön välineeksi, jolla se kehittää hyviä käytäntöjään ja levittää niitä ylimpien tarkastuselinten muodostamassa yhteisössä.
Ensimmäisessä tilintarkastustuomioistuinta koskevassa vertaisarvioinnissa vuodelta 2008 perehdyttiin kaikkiin sen tarkastus- ja hallinnollisiin toimiin. Arvioinnin vetäjänä oli Kanadan ylin tarkastuselin ja siihen osallistuivat Itävallan, Norjan ja Portugalin ylimmät tarkastuselimet.
Toinen tilintarkastustuomioistuinta koskeva vertaisarviointi on parhaillaan käynnissä. Se kohdistuu tuloksellisuuden tarkastuksia koskeviin tilintarkastustuomioistuimen käytäntöihin ja vuonna 2008 tehdyssä vertaisarvioinnissa esitettyjen suositusten toteutumiseen. Vuonna 2013 tehtävää arviointia vetää Saksan ylin tarkastuselin ja siihen osallistuvat Ranskan ja Ruotsin ylimmät tarkastuselimet.
Tilintarkastustuomioistuinta koskeva toinen
vertaisarviointi valmistui vuonna 2013. Arvioinnin vetäjänä toimi Saksan
ylin tarkastuselin ja siihen osallistuvat Ranskan ja Ruotsin ylimmät
tarkastuselimet. Vertaisarvioinnissa käsiteltiin käytäntöjä, joita tilintarkastustuomioistuin
soveltaa tuloksellisuuden tarkastuksissa. Lisäksi siinä arvioitiin jatkotoimia,
joita on toteutettu vuonna 2008 tehdyssä vertaisarvioinnissa esitettyjen
suositusten perusteella.