EU:n toiminnasta tehdyssä sopimuksessa määrätään, että tilintarkastustuomioistuin ja kansalliset tilintarkastuselimet toimivat luottamuksellisessa yhteistyössä riippumattomuutensa säilyttäen. Tilintarkastustuomioistuimen ja EU:n jäsenvaltioiden ylimpien tarkastuselinten yhteistyö alkoi, kun tilintarkastustuomioistuin perustettiin vuonna 1977, ja se on lisääntynyt vuosien mittaan.