EDA spolupracuje s najvyššími kontrolnými inštitúciami kandidátskych a potenciálnych kandidátskych krajín na vstup do EÚ s cieľom umožniť pravidelné výmeny informácií, vypracovať metodiky auditu a podporovať odborné vzdelávanie. Táto spolupráca prebieha v partnerstve s iniciatívou SIGMA (podpora zlepšenia správy a riadenia vecí verejných, z angl. Support for Improvement in Governance and Management), čo je spoločná iniciatíva Organizácie pre hospodársku spoluprácu a rozvoj (OECD) a EÚ.
Hlavným nástrojom spolupráce je sieť NKI kandidátskych a potenciálnych kandidátskych krajín, ktorá funguje podobne ako kontaktný výbor. V rámci nej sa konajú pravidelné zasadnutia predsedov NKI a kontaktných pracovníkov, ako aj zasadnutia pracovných skupín, semináre, workshopy a paralelné audity. Hlavným cieľom je presadzovať zavádzanie audítorských metód a techník v súlade s medzinárodnými normami a osvedčenými postupmi EÚ.